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Résumé
Laut den Gesuchstellern bildet das Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV) ist eine ernsthafte Bedrohung für den Schweizer Tomaten- und Paprikaanbau. Das RNA-Virus ist wegen seines grossen Schadpotenzials seit Januar 2020 als «potentieller Quarantäneorganismus» geregelt und unterliegt der Melde- und Bekämpfungspflicht. Im 2021 kam es in der Schweiz zum ersten Schadensfall. Im 2022 wurden mehrere Verdachtsproben bei importierten Setzlingen positiv getestet. Aufgrund des grossen Risikos fordern die Tomatenproduzenten die Möglichkeit eines Massentests. Nur der rasche und eindeutige Nachweis des Virus kann die Verbreitung über befallene Setzlinge verhindern. Das ToViPoRe-Projekt zielt auf zwei Nachweisstrategien ab: 1) die Entwicklung eines spezifischen LAMP Assays für den raschen und kostengünstigen Nachweis von ToBRFV und 2) die Entwicklung einer isothermalen Amplifikationsmethode gekoppelt an die Hochdurchsatz-Sequenziertechnologie mittels Nanoporen. Letztere ermöglicht nicht nur den eindeutigen Nachweis von ToBRFV oder naher verwandten Tobamoviren, sondern auch das parallele Analysieren einer grossen Anzahl Proben. Ein zuverlässiges Diagnosetool für ToBRFV ist unerlässlich. Dafür arbeiten die Antragssteller mit verschiedenen Akteuren aus der Forschung, Branche (VSGP) und dem Vollzug eng zusammen. Das vorliegende Projekt visiert technologisches Neuland in der Pflanzenkrankheits- und Schädlingsdiagnostik an. Ist das Proof-of-Concept erfolgreich, wird die künftige Diagnostik stark davon profitieren können.
Textes supplémentaires
Abstract
Ziel des ToViPoRe-Projekts war die Entwicklung schneller, kostengünstiger und skalierbarer Diagno-seinstrumente für das Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV) und andere Tobamoviren. Durch den Einsatz von isothermalen Amplifikationsmethoden und Nanoporen-Sequenzierung wurde ein flexib-les Nachweisverfahren entwickelt. Das ToViPoRe-Tool kann an verschiedene Erreger angepasst wer-den. Es ermöglicht eine Echtzeit-Datenanalyse und die Sequenzierung langer DNA-Abschnitte. Zudem hat es das Potential für Felddiagnostik. Die LAMP-Assays erwiesen sich trotz geringerer Sensitivität im Vergleich zur RT-qPCR als nützlich für den Nachweis von ToBRFV. RT-RPA und RT-PCR in Kombina-tion mit Nanoporen-Sequenzierung ermöglichen die Art- und Variantenbestimmung. Die Methodenvali-dierung zeigte vielversprechende Resultate, trotz einiger Einschränkungen. Mit der Integration der Nano-poren-Sequenzierung in die Agrodiagnostik können mehrere Krankheitserreger frühzeitig erkannt und gezielte Managementmassnahmen eingeleitet werden. Dadurch kann die Ausbreitung gefährlicher Erre-ger verhindert werden. Die Zusammenarbeit und transparente Kommunikation unter den Projektpartnern waren entscheidend für den Erfolg des Projekts und ebnen den Weg für zukünftige Fortschritte in der Pflanzengesundheitsdiagnostik.
Schlüsselwörter
Jordan-Virus, Tomate, Paprika, molekulares Nachweisverfahren, Next Generation Sequencing
Participants
Joël Pothier
Projektleiter/Projektleiterin
joel.pothier@zhaw.ch
Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften ZHAW Joël Pothier Einsiedlerstrasse 29 8820 Wädenswil ZH CH
Kontaktperson
Détails du projet
- Office de recherche
- BLW
- Statut du projet
- Abgeschlossen
- Type de projet
- Forschungsprojekt
- Date de début
- 2023-01-31
- Date de fin
- 2025-08-30
- Coûts totaux approuvés
- CHF 240000.00
- Section
- Obstbau, Weinbau und Gartenbau
- Domaine politique NABS
- Landwirtschaftliche Produktivität und Technologie