1.21.07

Résumé

Die Gesamt-Genomsequenzierung (WGS) von Drittgeneration Cephalosporin-resistenten E. coli (3GC-R- Ec )-Stämmen aus Geflügel und Geflügelfleisch sowie von klinischen Carbapenem-resistenten Enterobacteriaceae (CRE) aus Heimtieren wird mit unterschiedlichen WGS-Technologien und -Geräten (Nanopore und Illumina) durchgeführt. Die Illumina Sequenzierung bildet die Grundlage des zukünftigen Antibiotikaresistenzmonitorings der Europäischen Union (1). Deshalb sollen in diesem Projekt unterschiedliche IIlumina-Geräteplattformen hinsichtlich ihrer Qualität, Effektivität, Zuverlässigkeit und Kosten miteinander verglichen werden. Zudem wird zusätzlich die Nanopore Technologie für molekulare Epidemiologie verwendet. Die Kombination beider Technologien erlaubt es, die vollständigen und genauen Sequenzen von Chromosomen und Plasmiden für die Genotypisierung, den Plasmidvergleich und die Identifizierung von Resistenzmechanismen zu erhalten. Die Sequenzen der Chromosome und Plasmiden der 3GC-R- Ec aus Geflügel and der CRE aus Heimtiere werden mit denen von klinischen Isolaten aus Menschen verglichen. Dieses Projekt wird zeigen, welche Plasmide mit den Cephalosporinase- (ESBL/pAmpC) und Carbapenemase-Genen in Bakterien aus Tier, Fleisch und Mensch assoziiert sind.